Por suerte hay muchos métodos para lograr que Internet Explorer 6 logre coger transparéncia a los formatos png’s.
Aquí os muestro una manera mediante CSS:

#capaPng {
	height:300px;
	width:400px;
	background-image:url(imagenes/img.png) !important;
	background-image:none;
	filter:none !important;
	filter:progid:DXImageTransform.Microsoft.AlphaImageLoader(src='http://dixso.net/wp-content/examples/css/png-ie/imagenes/img.png');
}

Y en el código html esto:

<div id="capaPng"></div>

Nota:
- Es necesario poner la altura (height) y anchura (width) de la capa para que los navegadores posicionen correctamente el png.
- Los ‘filter’ (para IE6) es necesario poner la ruta absoluta del png, si no insertáis la ruta absoluta no saldrá reflejado el png.

Ejemplo aquí.

El elemento ‘filter’ no es válido según W3C para las hojas de estilos, por lo tanto, esto no sería del todo correcto… ¿Solución?

Añadir esto:

	background-image:none;
	filter:progid:DXImageTransform.Microsoft.AlphaImageLoader(src='http://dixso.net/wp-content/examples/css/png-ie/imagenes/img.png');

En nuestras hojas de estilo IE6 del Browser detect jQuery, de esta forma tendremos nuestra hoja de estilos principal validada y en la hoja de estilos de IE6 insertaremos todos los hack’s que sean necesarios para ver las cosas correctamente.

Ejemplo aquí.