Para insertar un iframe y que tenga transparencia hay que añadir lo siguiente en el código html:

<iframe allowtransparency="allowtransparency" style="border:#FFF solid 2px;" src="iframe.php"></iframe>

Nota:
- Para lograr la transparencia es necesario el elemento: allowtransparency=”allowtransparency” para IE, claro.
- El borde que le pongo al iframe es para que se vea mejor el ejemplo (más a bajo).

Én el fichero dónde se llamará el iframe añadimos el siguiente estilo:

body 	{background-color:transparent;} /* fondo transparente para los navegadores NORMALES */

Ejemplo aquí.